Nel 1432, nella guerra tra la repubblica genovese e la Repubblica di Venezia, un gruppo di galee veneziane giunse nel golfo del Tigullio occidentale mettendo a ferro e fuoco le cittadine di Santa Margherita Ligure, Rapallo e Zoagli. Successivamente approdarono a Bogliasco dove provocarono distruzioni e incendi di case, alberi e vegetazione. La popolazione, compreso il pericolo, si diresse immediatamente nel borgo di Sessarego, posto sulle alture e all'epoca praticamente invisibile da Bogliasco, scongiurando una morte certa. Dal 1636 entrò a far parte della giurisdizione del capitaneato di Recco assieme ad altri borghi vicini.
La peste, giunta in Liguria nel 1656, causò nel borgo numerose vittime tra la popolazione; l’anno successivo se ne contarono 139.
Nel 1797 con la nuova dominazione francese di Napoleone Bonaparte rientrò dal 2 dicembre nel dipartimento del Golfo del Tigullio, con capoluogo Rapallo, all'interno della Repubblica Ligure. Dal 28 aprile 1798 Bogliasco divenne capoluogo del IV cantone della giurisdizione della Frutta e dal 1803 centro principale del VI cantone della Frutta nella giurisdizione del Centro. Annesso al Primo Impero francese, dal 13 giugno 1805 al 1814 fu inserito nel dipartimento di Genova.
Con la caduta di Napoleone I il congresso di Vienna del 1814, invocato nel tentativo di ristabilire l'equilibro tra le nazioni dopo la dominazione napoleonica, stabilì l'annessione del territorio ligure nel Regno di Sardegna; a partire dal 1861 fu parte integrante del neo costituito Regno d'Italia. Dal 1859 al 1926 il territorio fu compreso nel II mandamento di Nervi del circondario di Genova facente parte dell'allora Provincia di Genova.
Nel 1928 si stabilì l'unione del territorio comunale bogliaschino con la vicina Pieve Ligure: il nuovo ente amministrativo assunse la denominazione di Bogliasco Pieve. Nel 1946, al termine della seconda guerra mondiale, i due comuni tornarono ad avere piena e separata autonomia; la frazione di Poggio Favaro-San Bernardo - già appartenente al comune pievese - passò al neonato comune di Bogliasco. Nello stesso anno, al referendum del 1946, il 65% dei bogliaschini votò per la Repubblica e solo il 34% per la monarchia.
Dal 2014 al 2024 ha fatto parte dell'Unione dei comuni del Golfo Paradiso.
Lo stemma e il gonfalone sono stati concessi con il decreto del presidente della Repubblica del 14 gennaio 1958.