iviso in due aree che fu amministrato nella parte più orientale dalla famiglia della Lengueglia, e quindi assoggettato alla comunità di Lingueglietta, mentre la restante parte occidentale alla comunità di Cipressa; quest'ultima legata al capitaneato di Porto Maurizio, nella Repubblica di Genova. Quale "terra di confine" tra due importanti realtà amministrative e politiche, il territorio di Costarainera fu spesso al centro di controversie legate ai confini e ai possedimenti; al 1467 risale, infatti, una sua prima citazione (villam Raineriorum) in una vertenza di confini. E la stessa urbanistica del sempre più nascente nucleo constengo si sviluppò, nei secoli, verso le principali direttrici confinanti quali Lingueglietta, a nord, Cipressa, a est, e San Lorenzo al Mare verso sudovest.

Nella seconda metà del XVI secolo fu interessato da razzie e danneggiamenti dei pirati saraceni.

Una divisione del territorio che, di fatto, perdurò fino e oltre alla dominazione napoleonica di fine XVIII secolo. Nel 1797 furono create le due municipalità di Costarainera Orientale e di Costarainera Occidentale: la prima inserita nel cantone di Lingueglietta, la seconda nel cantone di Santo Stefano ed entrambi assoggettati nella giurisdizione degli Ulivi (capoluogo Porto Maurizio). Un primo accorpamento delle due distinte municipalità avvenne con la riforma amministrativa del 1802 della Repubblica Ligure, con la creazione del comune di Costarainera inserito nel cantone di Porto Maurizio della giurisdizione degli Ulivi (capoluogo Oneglia). Dal 1805, con il passaggio della Repubblica Ligure nel Primo Impero francese, rientrò nel cantone di Santo Stefano del circondario di Porto Maurizio del Dipartimento di Montenotte.

Nel 1815 fu annesso al Regno di Sardegna, dopo il congresso di Vienna del 1814, a seguito della caduta di Napoleone Bonaparte. Facente parte del Regno d'Italia dal 1861, dal 1859 al 1926 il comune di Costarainera fu compreso nel V mandamento di Santo Stefano al Mare del circondario di Sanremo facente parte della provincia di Nizza (poi provincia di Porto Maurizio e, dal 1923, di Imperia).

Nel 1928 fu soppresso e aggregato al comune di Cipressa e solamente nel 1954 riottenne una propria autonomia amministrativa.

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