L'accresciuta potenza del sito portò inevitabilmente a scontri e contrasti tra le maggiori e importanti famiglie del tempo, tra queste i Malaspina e i Fieschi, per il possesso del feudo brugnatese. L'evento più significativo è datato al 1215 quando Corrado Malaspina, che rivendicava per la sua famiglia diritti sul borgo e su molte delle terre circostanti, riuscì ad occupare temporaneamente alcuni forti dei possedimenti brugnatesi; con l'intervento di Genova la breve dominazione del Malaspina fu contrastata lasciando ai Fieschi la nomina di vice domini di Brugnato.
Nel XIV secolo, per le lotte tra guelfi e ghibellini, il vescovo fu costretto a rifugiarsi a Pontremoli e la reggenza del territorio passò con alternanza prima ai Malaspina, poi ai Fregoso. Infine, con un'insurrezione popolare nella prima metà del XVI secolo (23 aprile 1530), Brugnato cacciò definitivamente i Malaspina dalla sua storia.
Il 5 marzo 1531 il Senato della Repubblica di Genova emanò decreti e concessioni a favore della città di Brugnato quali, per i cittadini brugnatesi, di essere esentati dal servizio sulle triremi. Inoltre, per la difesa interna, la formazione di una compagnia detta degli "scelti", comandata da un capitano, da un alfiere, da un tenente e due caporali; il giorno 23 giugno 1535, vigilia della festività di san Giovanni Battista, uno speciale statuto di conferma della possibilità per la Magnifica Comunità di Brugnato di poter eleggere annualmente il podestà fra i cittadini.
Tutti questi e precedenti decreti, quale quello del 1437 che equiparava in tutto i Brugnatesi ai Genovesi e che, in ordine di tempo, legarono Brugnato direttamente alla repubblica genovese seguendone le sorti:
Quest'ultima la dotò di autonomi statuti e la elevò come sede dell'omonimo Capitaneato dal 1607, poi soppresso in favore del Capitaneato di Levanto; dal 1637 al 1797, la città di Brugnato ebbe inoltre la possibilità di nomina di podestà interni che non dovevano soggiacere ad altra autorità , tanto per il civile quanto per il criminale, e non subivano sindacato (PRIVILEGIA, IMMUNITATES ET DECRETA CIVITATIS BRUGNATI) come dimostrato dalla lettera che, il 15 febbraio 1663 il podestà Antonio Cattaneo ed i consiglieri indirizzarono al Senato di Genova la seguente supplica in difesa del canonico Giovanni Bertucci, eletto vicario capitolare dopo la morte di mons. Paggi:
Caduta la repubblica genovese e con la dominazione napoleonica Brugnato rientrò dal 2 dicembre nel Dipartimento del Vara, con capoluogo Levanto, nell'ambito della Repubblica Ligure. Dal 28 aprile del 1798 con i nuovi ordinamenti francesi, il territorio di Brugnato rientrò poi nel II cantone, come capoluogo, della Giurisdizione di Mesco e dal 1803 centro principale del IV cantone di Godano nella Giurisdizione del Golfo di Venere. Annesso al Primo Impero francese, dal 13 giugno 1805 al 1814 Brugnato venne inserito nel Dipartimento degli Appennini.
Caduto l'impero napoleonico e dopo il Congresso di Vienna del 1814, nel 1815 fu incluso nella provincia di Levante del Regno di Sardegna, e successivamente nel Regno d'Italia dal 1861.
Nel 1817 una grave carestia in Brugnato provocò fame e morbo pernicioso, mietendo numerose vittime fra la popolazione. Brugnato fu soccorsa dalla marchesa Giovanna Cattaneo e dall'amministratore apostolico card. Giuseppe Maria Spina. A tal proposito, onde evitare la diffusione contagiosa di cotanto morbo pernicioso, da parte del capo anziano Nicolò Guani si stabilirono piantoni di guardia alle diverse entrate della diocesi. Nel 1818 il raccolto fu abbondante.
Dal 1859 al 1927 il territorio fu compreso nel IV mandamento di Godano del circondario di Levante facente parte della provincia di Genova prima e, con l'istituzione nel 1923, della provincia della Spezia poi.
Al 1956 risalgono gli ultimi aggiustamenti al territorio comunale con l'accorpamento della frazione di Bozzolo dopo il suo distacco dal territorio di Zignago.
Dal 1973 al 31 dic