l cristianesimo nel territorio lariano, ed il paese si legò all'Isola Comacina, a quel tempo borgo fortificato con castello, seguendone le sorti durante il Medioevo. Con l'avvento dei Franchi aumentò il potere temporale dei vescovi comaschi che espansero il loro potere sulle sponde del lago. Tra la fine dell'XI secolo ed i primi decenni del XII secolo si iniziarono a formare governi comunali nel Nord Italia, ed in quel periodo l'Isola Comacina iniziò a raggiungere una certa autonomia da Como eleggendo i propri consoli.
</p><p>Nel 1118 scoppiò la Guerra decennale tra Como e Milano per il controllo dei passi alpini, e molti paesi rivieraschi si schierarono con Milano, tra cui l'Isola e i paesi confinanti. Durante la guerra l'Isola e la costa vennero attaccati più volte, e nel 1124 i Comaschi saccheggiarono i paesi sulla costa da Mezzegra a Colonno, dopo un attacco fallito contro l'Isola. La guerra finì nel 1127 con la distruzione di Como, ma questa si vendicò prima dei Milanesi (1162) e poi dei Comacini nel 1169 con l'aiuto dell'Imperatore Federico Barbarossa, radendo al suolo gli edifici sull'Isola, mentre il suo territorio entrò in orbita comasca.
</p><p>Nel 1240 il capitano di Como Bertoldo di Hohenburg pubblicò gli statuti comunali che suddividevano e attribuivano il territorio comasco, diviso in pievi, a quattro quartieri chiamati Porte. In questi la <i>pieve d'Isola</i> viene attribuita al quartiere di Porta Sala. In questo periodo Colonno e Sala avevano l'obbligo di rifornire il mercato di Como di 20 libre di pesce ogni martedì e di 40 libre ogni sabato.
</p><p>Nel 1335 Como con il suo contado venne occupato dal signore milanese Azzone Visconti, che nello stesso anno promulgò dei nuovi statuti. In questi viene citato il "<i>comune de Collono</i>", che è compreso nella Pieve d'Isola insieme a Sala, Ossuccio e Lezzeno. Nei statuti risulta che Colonno e Sala hanno il compito dalla manutenzione della strada che va "dal ponte di Colonno alla valle di Premonte". Colonno segue quindi le sorti del Ducato di Milano.
</p>
<h3 data-mw-anchor="Età_Moderna" data-mw-fallback-anchor="Et.C3.A0_Moderna">Età Moderna</h3>
<p>Nel 1517 Colonno viene citato da Paolo Giovio come <i>Colonia</i>. Nel 1555 troviamo Colonno a far parte del feudo d’Isola, che faceva parte a sua volta del feudo di Colico, e viene prima concesso ad Antonio Maria Quadrio, e successivamente ai conti Alberti. Nel 1640 il comune venne concesso in feudo dal re Filippo IV, con il resto della pieve, all'abate Marco Gallio di Como. Nel 1686, dopo la morte del marchese Giacomo Gallio rimasto senza discendenti, il feudo tornò nelle disponibilità del Demanio, sotto la giurisdizione del podestà di Como.
</p><p>Nel 1788 San Michele di Colonno, fino ad allora un oratorio della Parrocchia di Sant'Eufemia sull'Isola (ed in seguito ad Ossuccio), viene citata per la prima volta come parrocchia indipendente.
</p><p>Dal 1807 al 1816, durante l'occupazione napoleonica, Colonno insieme ad Ossuccio venne unito al comune di Sala Comacina.
</p><p>In passato l'economia del paese si reggeva sul commercio dei prodotti agricoli, del pesce e dell'argilla estratta dal torrente Pessetta, usata p